Да. Если вы не понимаете подход Javascript к объектам, передачу функций, идентификатор «this» и другие языковые конструкции, вы не сможете понять прототипы функций jQuery.
Я учу себя обоим одновременно, но это, безусловно, поможет узнать основы Javascript (по крайней мере), прежде чем начинать с jQuery.