Если вы идете в Atom -> Настройки -> Пакеты, перейдите к настройкам python-autopep8.
Моя проблема была в том, что мой путь Autopep8 был неверным.Когда я запустил:
pip install autopep8
в моем терминале, место установки находилось в моем каталоге /usr/local/bin
.Так что в Atom мой путь должен читаться как /usr/local/bin/autopep8
.
Это решило проблему.Когда решено, этот маленький красный «х» превратился для меня в серый флажок.