Я сталкиваюсь с той же проблемой, даже применяя обходные пути, предложенные другими пользователями, это не работает. В конце концов, мое решение этой проблемы - заменить все flash.message на session.message, а в GSP я пишу следующий код:
<g:if test="${session.message}">
<div class="message">${session.message}</div><% session.message = null %>
</g:if>
Решение было протестировано в производственной среде GAE. Я хотел бы, чтобы это было полезно тем разработчикам, которые все еще сталкиваются с той же проблемой.