Это не причинит никакого вреда.Это может сбить с толку любого разработчика.
Вы заметите, что в некоторых проектах есть папка java и kotlin.
Вы тоже можете это сделать, просто помните, чтоесли вы создаете новую папку, вам нужно пометить ее как папку sources для вашей IDE:)