в настоящее время это невозможно сделать с помощью msbuild. но я вполне уверен, что вас может заинтересовать эта статья блога MSDN из-за вашего вопроса, связанного с проектами по слиянию модулей / установок в. Похоже, они не будут продолжать поддерживать файлы .vdproj в последующих версиях visual studio (2010 будет последним, кто их поддержит).
Так что вы можете столкнуться с проблемами в будущем, даже если вы используете devenv вместо msbuild.
... но эта статья тоже может быть шепотом. В любом случае, если вы хотите создать настройки, есть много альтернатив.