ОК, я решил пойти с Wix. Выяснилось, что с помощью Votive можно включить вывод проекта, как в .vdproj (двоичные файлы, содержимое, символы и даже исходный код).
Если я столкнусь с более сложными ситуациями, когда этого недостаточно, я могу вернуться к какому-то харвестеру (Тепло, Парафин).
Смотрите еще несколько ссылок в комментариях ниже (слишком мало репутации, чтобы оставлять более 1 ссылки в этом сообщении).