Я столкнулся с этой проблемой в Fedora 17, и она была вызвана systemd. Я думаю, что это хорошо, чтобы поделиться.
mysql> select * into outfile '/tmp/z1' from t1;
Query OK, 673 rows affected (0.01 sec)
mysql> select * into outfile '/tmp/z2' from t1;
Query OK, 673 rows affected (0.01 sec)
mysql> select * into outfile '/tmp/z1' from t1;
ERROR 1086 (HY000): File '/tmp/z1' already exists
mysql> Bye
# cat /tmp/z1
cat: /tmp/z1: No such file or directory
# ls -d systemd-*
/tmp/systemd-private-AQEueG
/tmp/systemd-private-AuCNDY
/tmp/systemd-private-TOMNxZ
/tmp/systemd-private-UacrpE
/tmp/systemd-private-yal7lQ
/tmp/systemd-private-ZlRJeN
# ls /tmp/systemd-private-TOMNxZ
z1 z2
Виновный был в /usr/lib/systemd/system/mysqld.service.
# Place temp files in a secure directory, not /tmp
PrivateTmp=true
Благодаря этому блогу я нашел подсказку.