Что-то не так с вашим 'runtimepath', и использование вами личных конфигурационных местоположений не по умолчанию (~/.vim_runtime против значения по умолчанию ~/.vim) предполагает, что вы каким-то образом испортили его.
The *Файлы 1006 * и syntax/syntax.vim являются частью среды выполнения Vim;если они недоступны, основная функциональность Vim (например, подсветка синтаксиса), вероятно, не будет работать правильно.Путь к файлам для этих файлов встроен в Vim и зависит от того, как Vim был скомпилирован и упакован.Например, Vim 7.4, предоставляемый Ubuntu 16.04, имеет путь /usr/share/vim/vim74.
Если вы запускаете Vim без ваших личных настроек (vim --clean), эти ошибки не должны появляться (если они сохраняются,у вас сломана установка Vim, и вы должны попытаться переустановить ее).Вы можете записать правильные пути (:echo $VIMRUNTIME) оттуда и исправить ваши личные настройки.В целом, я бы не стал слишком сильно отклоняться от структуры по умолчанию.В вашем подкаталоге sources_forked вы, кажется, эмулируете что-то вроде Vim (встроенного в более поздние версии 7.4) :help packages.