Основным отличием является поддержка самого языка TypeScript.
Вы можете использовать tsc для переноса ES6 + в более старые версии стандарта, как вы это сделали бы с Babel, просто вставив "strict": false в tsconfig.json.Или вы можете использовать средство проверки типа, например Flow поверх Babel, чтобы добиться эффекта, подобного тому, что компилятор TypeScript дает вам по умолчанию.
AFAIK, tsc не использует Babel -Я видел, как они создают код с другим поведением из одного и того же исходного файла .js.