Если вы используете JavaFX 8u40 или выше, вы можете получить его с помощью AccessibleAttribute.
TableCell cell = (TableCell) tableView.queryAccessibleAttribute(AccessibleAttribute.CELL_AT_ROW_COLUMN,rowIndex,columnIndex);
Помните, что вы можете получить нулевое значение, если ячейка не видна в области просмотра tableView.