Разница между метаданными и vardefs заключается в том, что метаданные - это простое определение структуры таблицы, поэтому sugarcrm знает, какие поля / таблицы нужно добавить в базу данных для восстановления и перестройки.
Vardefs являются определениями полей внутри модулей, что также приводит кполя базы данных в таблице модуля, но vardefs не может существовать без модуля, метаданные могут (только) существовать без модуля.