В настоящее время я пишу систему управления контентом, которая решает эту проблему. Несколько вещей, которые мне показались полезными.
При разработке сайтов уменьшайте их до наименьшего общего знаменателя. То есть, какие элементы являются общими для всех ваших сайтов? Например, каждый веб-сайт будет иметь ряд страниц и, возможно, некоторую форму системы корзины покупок.
Для моей системы у меня есть отдельный файл шаблона для каждого сайта. Таким образом, я держу свои PHP и HTML отдельно, что делает вещи намного проще. Когда у меня был наименьший общий знаменатель, самой сложной задачей для меня было разделение сайтов.
Я использовал свой файл htaccess для перенаправления example.com на www.example.com - таким образом, я могу надежно выбрать www.example.com из заголовка и использовать его, чтобы выбрать информацию для данного сайта из база данных.
У Эйдена также есть несколько хороших замечаний по конкретному коду. Для меня я обнаружил, что код не был проблемой, а скорее как я реализовал этот код для среды с несколькими сайтами.
Надеюсь, это поможет.