Упоминание /root/.local/lib странно и заставляет меня думать, что ваша ВМ смущена более ранними попытками.Если вы «сбросили все среды выполнения», чтобы получить новую виртуальную машину, будет ли работать следующее?(это для меня)
!pip install lxml
from lxml import etree
help(etree)