Вы уже приняли ответ, но похоже, что вы в основном «потеряли» 4 внесенные вами ревизии, и вы получили одну ревизию, говорящую «Это работа 4 других ревизий, которые я вырвал из-за неосторожности»,Намного лучшим решением, которое сохранит всю вашу историю, как это было бы при удалении zip-файла, было бы (при условии, что мы работаем над мастером):
git checkout master~4 # go back to where the zip was added
git rm --cached the-zip-file.zip # remove the zip file from revision
git commit --amend --no-edit # commit without zip file, leaving everything else as is
git cherry-pick master~4..master # replicate revisions created on top of busted revision
git branch -f master # move master to new revision
git checkout master
На этом этапе вы сохранили свою историю при удалении zip-файла.