То, что вы скачали, на самом деле является дистрибутивной версией программы. Каталоги, перечисленные carej, являются своего рода соглашением, в основном основанным на том, как обычно работают в системе Unix.
Большинство проектов предоставляют руководство по сборке. Это может быть непросто, если не все библиотеки (jar), используемые программой, поставляются в дистрибутиве. Некоторые из проектов Apache Commons делают это следующим образом, заставляя пользователя загружать зависимости по отдельности.
Если вы просто хотите использовать программу, попробуйте найти бинарную версию. Обычно он состоит из банок, скриптов и документации. Исходные дистрибутивы полезны, если вы хотите посмотреть на источник и / или внести изменения.