Способ работы vim-plug заключается в следующем:
call plug#begin('~/.vim/plugged')
создает набор функций / команд и устанавливает набор параметров,
Plug 'https://github.com/joshdick/onedark.vim.git'
добавляет этот ресурс во внутреннийlist,
call plug#end()
фактически устанавливает все ваши плагины в ~/.vim/plugged
, если их там нет, и устанавливает :help 'runtimepath'
на правильное значение, которое сообщает Vim, где искать плагины.
В общем, вы не можете ожидать, что плагин, установленный vim-plug, будет доступен до того, как vim-plug сделает свое волшебство.
Перемещение colorscheme onedark
ниже call plug#end()
должен решить вашу проблему.