LaTeX интерпретируется, только если он находится в математической среде, которая ограничена $.Знаки доллара, не предназначенные в качестве разделителей, следует экранировать обратной косой чертой.Таким образом, если вы хотите получить μ , вы должны написать $\mu$ и использовать pandoc --mathjax -o out.html.Если вам нужно $ μ , вы должны написать \$$\mu$.
Другой вариант - просто вставить нужный символ напрямую, а не использовать синтаксис LaTeX.
echo '$μ' | pandoc -o output.html