Вы можете использовать библиотеку stringr для извлечения всех чисел.
x <- "('00111','22222', /*abd*/ '22343','24352' /*abdegsg*/)"
stringr::str_extract_all(x, "\\d+", simplify = T)
#> [,1] [,2] [,3] [,4]
#> [1,] "00111" "22222" "22343" "24352"
Создано в 2019-02-11 пакетом представительство (v0.2.1)