Мне нужно выполнить из оболочки mysql файл SQL на основе условия, подобного mysql> source @var где @var содержит имя файла
Это невозможно. source - это команда, которая распознается и выполняется локально клиентской программой MySQL. На сервере существуют переменные, поэтому клиент не знает, что означает @variable.
source
@variable