Я склонен делать поиск в каталоге, выполняя контрольную сумму для каждого файла в этом каталоге.Я сортирую вывод и затем делаю окончательную контрольную сумму на отсортированном выводе.Если итоговая контрольная сумма каждого каталога одинакова, я думаю, можно с уверенностью предположить, что они одинаковы.
Я использую команду
find _dir_ -type f -exec cksum {} \; | sort | cksum
Надеюсь, это поможет.