Это действительно возможно, но я очень сомневаюсь, что вам действительно нужно использовать такую сложную настройку.Разве нельзя запустить Docker непосредственно на вашей ОС?
В любом случае, если вы уверены.PyCharm на данный момент не «поддерживает» удаленное использование демона Docker, поэтому вам нужно настроить несколько параметров вручную.Я написал подробное руководство в специальном билете в трекере ошибок PyCharm: https://youtrack.jetbrains.com/issue/PY-33489 Удаленный компьютер в вашем случае - это Vagrant VM.
PS Пожалуйста, проголосуйте за билет PY-33489, если вам нужна такая поддержкав PyCharm упрощен.