Ваш запрос должен выглядеть следующим образом: вы не указали, какой тип данных вы хотите получить из базы данных
$login = "SELECT COUNT(*) FROM register WHERE name='".$name."' AND email= '".$email."' ";
, и тогда ваш код может измениться на
if ( $run > 0 ) {
echo "<script>alert('Logged In Successfully'); </script>";
}