Нет пакета Cygwin для Java.
Вы можете попробовать версию пакета для Windows, но вам нужно передать путь к нему через Windows, используя cygpath.
$ cygpath --help
Usage: cygpath (-d|-m|-u|-w|-t TYPE) [-f FILE] [OPTION]... NAME...
cygpath [-c HANDLE]
cygpath [-ADHOPSW]
cygpath [-F ID]
Convert Unix and Windows format paths, or output system path information
Output type options:
-d, --dos print DOS (short) form of NAMEs (C:\PROGRA~1\)
-m, --mixed like --windows, but with regular slashes (C:/WINNT)
-M, --mode report on mode of file (binmode or textmode)
-u, --unix (default) print Unix form of NAMEs (/cygdrive/c/winnt)
-w, --windows print Windows form of NAMEs (C:\WINNT)
....