Вы можете установить Cygwin на стороне Windows, тогда вы получите среду, аналогичную Linux на Windows.Ключи могут быть сгенерированы на стороне Linux и скопированы в Windows, расположение такое же, как в Linux (/.ssh).
На Cygwin есть несколько учебных пособий с аутентификацией по личному ключу, например:https://dbaportal.eu/2015/03/06/setup-openssh-cygwin-for-public-key-authentication/
Обратите внимание, что вам, вероятно, придется настроить правильные права доступа для каталога .ssh в Windows.Вы можете использовать chmod так же, как в Linux, установить 700 для каталога .ssh и 600 для авторизованного ключа.