Здесь есть два понятия: тип файла и кодировка, используемая для передачи.
Вы должны договориться, чтобы сервер знал, что типом является application / x-javascript, а кодировка - x-gzip. Будет ли эта gzip-кодировка выполняться на лету при каждой загрузке или выполняется один раз заранее, зависит от конфигурации сервера.
Вот пример того, как настроить Apache для поддержки предварительно сжатых файлов JS и CSS:
# Compressed javascript files
AddEncoding x-gzip .jgz
AddType application/x-javascript .jgz
# Compressed css files
AddEncoding x-gzip .cgz
AddType text/css .cgz
Конфигурация для других серверов (не Apache) или для динамического (без предварительного сжатия) сжатия на стороне сервера будет отличаться.