Вам не нужно сортировать массив - все, что нужно, это еще один цикл перебора содержимого - просто сделайте это один раз, и вы сможете проверить наличие дубликатов без сортировки.
Итерируя по массиву и находя для каждого элемента значение «S», и проверяя, было ли оно уже помещено в массив результатов - и, если это так, - помещает индекс дублированного элемента в массив дубликатов.Тогда, если есть дубликаты - вы знаете индекс каждого дубликата.
var arr=[{S:1,R:2,V:3},{S:2,R:2,V:3},{S:1,R:4,V:5},{S:3,R:2,V:3},
{S:2,R:2,V:3},{S:3,R:4,V:5}];
var results = [];
var duplicates = [];
arr.forEach(function(obj, index){
results.indexOf(obj.S) == -1
? results.push(obj.S)
: duplicates.push(index)
})
var duplicatesLength = duplicates.length;
duplicates.length > 0
? console.log(duplicatesLength + ' duplicates found at index (' + duplicates .join(', ')+')')
: console.log('No duplicates found')
//gives 3 duplicates found at index (2, 4, 5)
// ie: item 0 = item 2, item 1 = item 4, item 3 = item 5