Вы не должны редактировать свой список, поскольку вы перебираете их.Кроме того, использование вами переменной x весьма запутанно и неверно.
Пожалуйста, смотрите следующий код:
list_d = ["Flower", "Pot", 123, "Daisy", 2328924]
list_e = []
for item in list_d:
if isinstance(item,int):
list_e.append(item)
for item in list_e:
list_d.remove(item)
print list_e
print list_d
Вывод:
[123, 2328924]
['Flower', 'Pot', 'Daisy']
Примечание: Это всего лишь редактирование вашего ответа, чтобы исправить только ошибку в вашем коде.Есть несколько способов сделать это, вы должны исследовать это.