Я надеюсь, что это то, что вы имеете в виду, но вы можете установить свои ассоциации файлов в Eclipse обычно так (и да, Apatana основан на Eclipse, поэтому он должен работать так же):
Окно -> Настройки
Тогда
Общие -> Редакторы -> Файловые ассоциации
Выберите * .jspf и переместите или добавьте редактор Aptana, который вы хотите использовать по умолчанию.