Ваш запрос не использует наличие, поэтому он будет считать все и выберет число 2. Таким образом, получить все значения и выбрать количество 2 через коллекцию:
DB::table('mailing_group_subscriber')
->select(DB::raw('COUNT(*) as count'))
->select('subscriber_id')
->groupBy('subscriber_id')
->whereIn('mailing_group_id', ['99', '15498855416270870'])
->pluck('count', 'subscriber_id')
->where('count', 2);