Вместо md5 используйте хеширование пароля.php имеет встроенную функцию.
password_hash(string,PASSWORD_BCRYPT);
для проверки.
используйте метод проверки пароля.
passord_verify($password,$hashed_password);
В вашем случае вы можете сделать
$data = array(
'email' => $this->input->post('email') ,
'password' => password_hash($this->input->post('password'),PASSWORD_BCRYPT)
);
Убедитесь, что столбец базы данных имеет соответствующую длину символа.если его тип строки, то это не проблема.