Спецификация не предназначена для того, чтобы диктовать решения по разработке API или даже предписывать лучшие практики.Это сделано для того, чтобы убедиться, что разные движки и клиенты GraphQL совместимы друг с другом.
Что касается вашего вопроса, нет правильного или неправильного ответа.Делайте то, что имеет смысл для вашего варианта использования.Если в качестве входных данных для удаления вы берете идентификатор, имеет смысл вернуть весь объект.Если вы уже принимаете весь объект целиком, то возвращать точно такую же вещь не очень удобно ...
Решите, что имеет смысл, и поддерживайте согласованность вашего API во всех операциях.