Здесь вы ссылаетесь на документацию Spring Boot - это ограничение относится только к Spring Boot.
Вы можете развернуть приложение Spring WebFlux (вне Spring Boot) в виде файла WAR внутри контейнера Servlet 3.1+.,Для этого в справочной документации Spring Framework написано :
Для развертывания в качестве WAR для любого контейнера Servlet 3.1+ вы можете расширить и включить AbstractReactiveWebInitializer в WAR.Этот класс оборачивает HttpHandler с ServletHttpHandlerAdapter и регистрирует его как сервлет.