Вся иерархия nativejdbc больше не существует, и то, чего там больше нет, не может быть использовано. Так что либо не обновляйте, либо найдите способ не нуждаться в этом (jdbc 4 может использовать unwrap для получения фактического базового соединения).
Для получения фактического базового соединения в Соединении есть метод развертывания.Таким образом, что-то вроде connection.unwrap(OracleConnection.class)
должно дать вам реальное базовое соединение.Однако для этого может потребоваться дополнительное обновление aq-jms-connection-factory, которое, я не уверен, поддерживает Spring 5.0.