У вас есть count(s_ship_unit_line.s_ship_unit_gid) > 200
в предложении where, это нарушение правила.
count
- это групповая функция, которая может быть разрешена в списке select или в с предложением.
Используйте вместо
select d.shipment_gid,count(l.s_ship_unit_gid)
from s_ship_unit_line l join shipment_stop_d d
on ( d.id = l.shipment_id ) -- I assumed this columns for joining condition.
where d.shipment_gid is not null
group by l.s_ship_unit_gid
having count(l.s_ship_unit_gid) > 200;
.