ClickOnce является стандартом по умолчанию для развертывания автономных приложений WPF, если вы будете часто публиковать обновления. Я бы не сказал, что это чрезвычайно сложно, но это более сложный процесс, чем XBAP.
Развертывание XBAP похоже на развертывание веб-страницы; построить, скопировать файлы на сервер, и все готово. Приложения ClickOnce требуют создания развертывания (двух файлов xml и ваших сборок), а способ синхронизации файлов клиента и сервера более сложен (хотя ClickOnce скрывает все это).
Основным препятствием, с которым я столкнулся в ClickOnce, было создание развертываний. Visual Studio отлично работает для простых сценариев, но не подходит для сложных вещей; например, создание разных версий вашего приложения (dev, qa, prod), которые могут быть развернуты с разных серверов и установлены вместе на одном компьютере. Не ракетостроение, но сложнее, чем XBAP.
Эта документация Microsoft может вам помочь.