Один из способов сделать это - иметь файл .pro для каждого подкаталога.
appsuite.pro:
TEMPLATE = subdirs
SUBDIRS = common app1 app2 app3
app1.depends = common
app2.depends = common
app3.depends = common
app1 / app1.pro:
TARGET = app1
SOURCES = main.cpp
INCLUDEPATH += ../common
LIBS += -L../common -lcommon
Файл common.pro должен создавать статическую библиотеку, которую вы затем можете связать в двоичные файлы.
общее / common.pro:
TEMPLATE = lib
CONFIG = staticlib
SOURCES = project.cpp more.cpp
HEADERS = project.h more.h