Вы присваиваете каждый элемент a первому элементу a.См. Следующий код.
for a[0] in a:
print(a)
Это дает:
[[11, 2, 4], [4, 5, 6], [10, 8, -12]]
[[4, 5, 6], [4, 5, 6], [10, 8, -12]]
[[10, 8, -12], [4, 5, 6], [10, 8, -12]]
a [0] сначала переназначается на [11,2,4], затем на [4,5,6], а затем, наконец, [10,8, -12].a [1] и a [2] не изменены.