Jupyter может порекомендовать использовать Anaconda, но это не значит, что Anaconda рекомендует использовать Jupyter.
Вы правы, что если вы собираетесь сосредоточиться на ноутбуках Jupyter, вам не нужно будет использовать VS Code,
Но большинство людей, которые используют Anaconda, не используют записные книжки Jupyter - они пишут скрипты на python, а не записные книжки - и для этого vscode - уважаемый выбор.