В Eclipse вы можете выборочно импортировать определенные каталоги для включения в проект.
Вы можете создать проект eclipse где-то еще на вашем диске, а затем создавать ссылки только на те папки, которые вы хотите иметь в своем исходном местоположении (в Eclipse они называются связанные ресурсы )
Вы также можете использовать стратегию связанных ресурсов для всего проекта (я имею в виду проект Eclipse, а не проект верхнего уровня).
Например, если ваша папка имеет следующую иерархию:
/top-level
/top-level/projectA
/top-level/projectA/subProjectA
/top-level/projectB
Вы можете создать рабочую область eclipse в location / my-workspace, создать проект с именем subProjectA и связать его с / top-level / projectA / subProjectA. Вы можете сделать то же самое для projectB, и они появятся в вашем рабочем пространстве Eclipse, как если бы они находились рядом в плоской иерархии.