Цвет исходит от основного цвета акцента, который, скорее всего, был указан в файле App.Xaml.
Это будет выглядеть примерно так:
<ResourceDictionary Source="pack://application:,,,/MaterialDesignColors;component/Themes/Recommended/Primary/MaterialDesignColor.Blue.xaml" /
Изменение этого параметра изменит основной цвет для всех приложений.
Если вам нужно изменить только стиль всплывающей подсказки, создайте новый стиль на основе стиля всплывающей подсказки, задав цвета Foreground и BorderBrush.