Как отметили комментаторы, вы можете делать все это в data.table или tidyverse.Если вы чувствуете себя более комфортно в dplyr, есть ли причина, по которой вы хотите использовать data.table в своем коде?
Хорошая причина в том, что у вас есть проблемы с производительностью.Если dplyr работает медленно, вы можете переместить все в data.table и fread.Если на самом деле нет причины, возможно, просто преобразуйте данные в таблицу в последней строке для согласованности.
Если вы хотите получить более надежный ответ о профилировании производительности, вам, вероятно, следует опубликовать что-то более конкретное и воспроизводимое.