jsoup
является анализатором HTML и не имеет движка javascript, поэтому он не может выполнить любой javascript, который может быть выполнен до того, как пользователь сможет войти в систему.
Если это так, вы 'Придется прибегнуть к библиотеке, которая поддерживает JavaScript.Один такой, как HtmlUnit или Selenium.