Попытка добавить новый каталог библиотеки

Question

Я использую хостинг RStudio на linux centos.Когда я пытаюсь установить пакеты, я получаю ненулевую ошибку состояния выхода.Я уже установил R-devel.

При чтении вывода на консоль r при попытке установить пакеты, кажется, что мой пользователь не может получить доступ к пути к библиотеке по умолчанию.

Я прочитал этот SO пост о добавлении новогокаталог библиотеки и даже установив его по умолчанию.

В графическом интерфейсе RStudio в нижней правой панели я создал новый каталог "mylibs".

Я попытался добавить в libPaths () для SOpost:

.libPaths( c( .libPaths(), "~/mylibs") )

Тогда я набрал .libPaths().

.libPaths()
[1] "/home/rstudio/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.4"
[2] "/usr/lib64/R/library"                               
[3] "/usr/share/R/library"   

Так что это выглядело как провал.Я задавался вопросом, не указал ли я правильный каталог.Итак, в RStudio я набрал getwd(), что показывает, что я нахожусь в "/home/rstudio".Итак, я попытался: .libPaths( c( .libPaths(), "~/home/rstudio/mylibs") )

Однако, когда я проверил .libPaths(), изменений не было, те же самые 3, показанные выше.

Как мне добавить mylibs dir в .libPaths () чтобы я мог скачать и установить пакеты?

Answer 1

Вызов .libPaths() добавляет в порядке слева направо.На этой машине CentOS:

R> .libPaths()
[1] "/home/USER/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.4" "/usr/local/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib64/R/library"                             "/usr/share/R/library"  
R>
R> .libPaths("/tmp")   # adding in session
R> .libPaths()
[1] "/tmp"                  "/usr/local/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib64/R/library"  "/usr/share/R/library"         
R> 

Вы можете управлять тем, что туда попадает, через различные «точечные» файлы, считываемые при запуске, например, .Renviron, .Rprofile и другие.Смотрите help(Startup) для всех кровавых деталей.

Редактировать: Относительно комментария @ MtFlick:

R> .libPaths("/DoesNotExist")
R> .libPaths()
[1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib64/R/library"   
[3] "/usr/share/R/library"         
R>