Проблема в вашем случае заключается в том, что переменная rectangle
указывает на исходный удаленный прямоугольник.
При повторном импорте вашего проекта создается новая переменная, представляющая вновь созданный прямоугольник.
Удобный способ доступа был бы следующим:
(1) Перед экспортом проекта в JSON присвойте этому прямоугольнику имя:
rectangle.name = 'theRectangle';
(2) После повторного импортаВы можете получить к нему доступ и удалить его следующим образом:
project.activeLayer.children.theRectangle.remove();
См. обновленный эскиз здесь .