Нет хорошего способа сделать это. Многие разработчики используют что-то вроде этого:
<style>
#<%= MyControl.ClientID %>
{
padding:100px;
}
</style>
Но, честно говоря, я не большой поклонник этого. Это очень меткое и хрупкое. Начиная с ASP.NET 4.0, вы сможете управлять ClientID элемента в коде, поэтому вы можете указать идентификаторы для элементов, которые, как вы знаете, вам нужно будет использовать в качестве CSS или JS.
А пока я рекомендую использовать классы. В системе, над которой я работаю, нам требуются классы и идентификаторы банов для любого клиентского кода (CSS или JS), потому что это не стоит дополнительных затрат. Классы могут прекрасно работать как идентификаторы - ничто не помешает вам иметь множество уникальных (одноразовых) классов, и нет реальной проблемы с такой работой с точки зрения обслуживания.