Вы пробовали просто использовать обратные пометки:
RENAME TABLE `#__table1` to xxxxx_table1, `#__table2` to xxxxx_table2;
Я не тестировал команду RENAME
явно, но кажется возможным иметь имя таблицы со знаком #
, пока мыставьте обратные метки вокруг имени таблицы.
Примечание: как вы, вероятно, уже поняли, следует избегать имен таблиц и столбцов со странными символами или зарезервированных ключевых слов MySQL.