Ответ почти содержится во второй части вашего вопроса: собственный режим Mifare использует команды более низкого уровня, чем ISO 14443-4, поэтому для отправки нет APDU.Для доступа к собственному режиму Mifare вам потребуется аппаратное и программное обеспечение, изготовленное или лицензированное компанией-владельцем Mifare NXP.
Например, только мобильные телефоны, использующие чипы NXP, могут использовать собственный режим Mifare для взаимодействия, например, с картами Mifare Classic.