Вы можете просто установить обе нано на одно число, чтобы сделать их одинаковыми друг с другом, скажем, ноль, чтобы сравнить их.
LocalTime localTime1 = LocalTime.of(1, 2, 3, 100);
LocalTime localTime2 = LocalTime.of(1, 2, 3, 47);
if (localTime1.withNano(0).equals(localTime2.withNano(0))){
System.out.println("something");
}