В Zip-файлах, согласно спецификации, принадлежащей PKWare, кодировка имен файлов и комментариев к файлам - IBM437. В 2007 году PKWare расширил спецификации, чтобы также разрешить UTF-8. Это ничего не говорит о кодировке файлов, содержащихся в zip. Только кодировка имен файлов.
Я думаю, что все инструменты и библиотеки (Java и не Java) поддерживают IBM437 (который является расширенным набором ASCII), и меньшее количество инструментов и библиотек поддерживают UTF-8. Некоторые инструменты и библиотеки поддерживают другие кодовые страницы. Например, если вы заархивировали что-то с помощью WinRar на компьютере, работающем в Шанхае, вы получите кодовую страницу Big5. Это не "разрешено" спецификацией почтового индекса, но это происходит в любом случае.
Библиотека DotNetZip для .NET поддерживает Unicode, но, конечно, это не поможет вам, если вы используете Java!
Используя встроенную поддержку Java для ZIP, вы всегда получите IBM437. Если вам нужен архив с чем-то отличным от IBM437, используйте стороннюю библиотеку или создайте JAR.