Вы можете использовать grepl в сочетании с as.integer для этого:
# Building a data frame
Subject = c('A', 'B', 'C')
Stimulation = c('NO stim', 1100-2, 'BSV18')
GATA3 = c('GATA3 149', 'GATA3 1', 'GATA3 100')
df = data.frame(Subject, Stimulation, GATA3)
# Converting using grepl and as.integer
df$GATA3 = as.integer(grepl(pattern = 'GATA3', x = df$GATA3))
# Checking results
head(df)